پایان نامه کلون سازی نمونه ی جهش یافته ی Rice nsltp2 با هدف کاهش خاصیت آنتی ژنی و افزایش کارآمدی زیستی آن


فهرست مطالب

عنوان                                                                                                       صفحه

فصل اول: مقدمه

  • تاریخچه ی پروتئین LTP …………………………………………………………………………………………………………..1

1-2-ساختار ژنی LTP  ها……………………………………………………………………………………………………………………..3

1-3- ساختار پروتئینی LTP…………………………………………………………………………………………………………………..5

1-3-1- LTP1…………………………………………………………………………………………………………………………………..6

1-3-2 LTP2-……………………………………………………………………………………………………………………………………8

1-3-3- بررسی ارتباط ساختاری LTPو انتقال گروه های هیدرو فوب…………………………………………………………10

1-4-بررسی خاصیت آنتی ژنی LTPها…………………………………………………………………………………………………….11

1-5-نقش های فیزیولوژیکی LTP…………………………………………………………………………………………………………..13

1-5-1 -نقش LTP  در سنتز کوتیکول………………………………………………………………………………………………………13

1-5-2-نقش LTP  ها به عنوان تعدیل کننده های رشد وتوسعه ی گیاهی……………………………………………………….13

1-5-3- نقش LTPها در دفاع مقابل عوامل ضد میکروبی…………………………………………………………………………….14

1-6-کاربردهای LTP…………………………………………………………………………………………………………………………..15

1-6-1-بررسی کاربرد LTP در سیستم تحویل دارویی………………………………………………………………………………..15

1-6-2 -کاربرد LTP در حسگر های زیستی …………………………………………………………………………………………….17

1-7- هدف تحقیق…………………………………………………………………………………………………………………………………17

1-8- ضرورت انجام تحقیق……………………………………………………………………………………………………………………..17

فصل دوم: موادوروش ها

2-1- تجهیزات و دستگاه های مورد استفاده…………………………………………………………………………………………………18

2-2- مواد مصرفی و نحوه ساخت………………………………………………………………………………………………………………19

2-3- بخش آزمایشگاهی…………………………………………………………………………………………………………………………21

2-4- سویه های باکتری استفاده شده…………………………………………………………………………………………………………21

2-5- ناقل های استفاده شده………………………………………………………………………………………………………………………21

2-6-طراحی وسنتز ژن nsLTP2 برنج ایرانی……………………………………………………………………………………………..22

2-7- شرایط استریل کردن……………………………………………………………………………………………………………………….25

2-8-محیط کشت لوریا برتانی (LB)…………………………………………………………………………………………………………25

2-9- آنتی بیوتیک…………………………………………………………………………………………………………………………………26

2-10- شرایط کشت و نگهداری سویه های باکتری اشرشیا کلی………………………………………………………………………26

2-10-1- طرز تهیه استوک گلیسرول…………………………………………………………………………………………………………26

2-11- استخراج ناقل………………………………………………………………………………………………………………………………26

2-11-1- استخراج ناقل با روش لیز قلیایی……………………………………………………………………………………………………26

2-11-1-1- روش انجام استخراج ناقل با روش لیز قلیایی…………………………………………………………………………………28

2-11-2- استخراج ناقل با استفاده از کیت شرکت بیو بیسیک………………………………………………………………………….30

2-11-2-1- روش انجام استخراج ناقل با استفاده از کیت شرکت بیوبیسیک……………………………………………………….31

2-12- الکتروفورز DNA بر روی ژل آگارز………………………………………………………………………………………………32

2-12-1- مواد لازم جهت الکتروفورز DNA بر روی ژل آگارز……………………………………………………………………..32

2-12-1-1- بافر TAE…………………………………………………………………………………………………………………………..32

2-12-1-2- بافر TBE…………………………………………………………………………………………………………………………..33

2-12-1-3-تهیه ژل آگارز………………………………………………………………………………………………………………………33

2-12-1-4- نشانگر اندازه DNA…………………………………………………………………………………………………………….34

2-12-1-5-رنگ سایبر گرین………………………………………………………………………………………………………………….35

2-12-1-6- بافر بارگذاری………………………………………………………………………………………………………………………36

2-12-2- تعیین اندازه و غلظت DNA توسط الکتروفورز………………………………………………………………………………36

2-12-3- تخمین غلظت DNA با استفاده از دستگاه اسپکتروفتومتر………………………………………………………………….36

2-13- تهیه سلول های مستعد از باکتری اشرشیاکلی با روش شیمیایی………………………………………………………………..37

2-13-1- مواد لازم………………………………………………………………………………………………………………………………..37

2-13-2- تهیه سلول مستعد………………………………………………………………………………………………………………………38

2-14- ترانسفورماسیون با روش شوک گرمایی…………………………………………………………………………………………….38

2-14-1- روش انجام ترانسفورماسیون………………………………………………………………………………………………………..39

2-15- هضم آنزیمی با آنزیم های محدود کننده…………………………………………………………………………………………..40

2-15-1- مواد لازم برای هضم آنزیمی با آنزیم های محدود کننده……………………………………………………………………40

2-15-1-1- آنزیم (Thermo scientific) XhoI…………………………………………………………………………………..42

2-15-1-2- آنزیم (Thermo Scientific) NcoI…………………………………………………………………………………..42

2-15-1-3 آنزیم BpiI (Thermo Scientific)……………………………………………………………………………………..42

2-16- خالص سازی DNA از ژل…………………………………………………………………………………………………………….42

2-16-1- مواد لازم برای  خالص سازی DNA از ژل……………………………………………………………………………………43

2-16-2- روش انجام استخراج DNA از ژل………………………………………………………………………………………………43

2-17- تکنیک الحاق………………………………………………………………………………………………………………………………44

2-17-1-مواد لازم برای تکنیک الحاق……………………………………………………………………………………………………….44

2-17-2- روش انجام تکنیک الحاق…………………………………………………………………………………………………………..45

2-18- واکنش کلنی PCR……………………………………………………………………………………………………………………..45

2-18-1- روش انجام واکنش کلنی- PCR………………………………………………………………………………………………..45

2-19- تعیین توالی ژن rice-nsLTP2……………………………………………………………………………………………………..47

2-20-مطالعات بیوانفورماتیکی…………………………………………………………………………………………………………………47

2-20-1-نرم افزار ها و سرورهای مورد استفاده…………………………………………………………………………………………….47

2-20-2-برر سی توالی nsLTP2…………………………………………………………………………………………………………….48

2-20-3-بررسی هیدروفوبیسیته یnsLTP2  برنج ایرانی………………………………………………………………………………49

2-20-4-بررسی خاصیت آنتی ژنیسیتی nsLTP2 برنج ایرانی ……………………………………………………………………….50

برای دانلود پایان نامه اینجا کلیک کنید